In het archeologisch onderzoek bij de aanleg van de metroverbinding, die bekend staat als Noord-Zuidlijn, dat in 2005 startte en in 2018 is afgerond, stond de rivier de Amstel centraal. De diepe bouwputten op het Damrak en Rokin gaven toegang tot de onderste lagen van de rivierbedding tot 12 m -NAP (Figuur 5.7.1). Daarmee kwam nieuwe informatie voorhanden over ontwikkelingen in het landschap en vooral de waterhuishouding en de vorming van de rivier de Amstel vanaf 3000 v.Chr. (Gawronski & Kranendonk 2018; Gawronski 2017; Kranendonk et al. 2015). Deze ontwikkelingen speelden zich af tegen de achtergrond van het Oer-IJ, dat een cruciale rol had in de verschillende landschappelijke ontwikkelingsfasen tot aan de Middeleeuwen. Archeologische vondsten duiden op een doorlopende bewoning in het Amstelgebied.
Bij de opgravingen op het Damrak werden verschillende vondsten gedaan daterend uit de overgangsperiode van het Laat Neolithicum naar de Vroege Bronstijd. Zoals hier afgebeeld een scherf van Veluws Klokbekeraardewerk (circa 2200-2000 v.Chr.)
-
De vondsten wijzen op de aanwezigheid van een (bescheiden) (semi-) permanente nederzetting aan een zijtak van de getijdengeul van het Oer-IJ. De omstandigheden waren er ideaal voor. Dankzij de aanwezigheid van de getijdengeul kon het veen ontwateren en waren de hoger gelegen oeverwallen aan de randen van de veenkoepel relatief droog. Aan de zijtak in het veenmoeras was bovendien toegang tot zoet drinkwater en de locatie bood gevarieerde bestaansmogelijkheden met jacht, visserij en landbouw.
De vondsten hebben geen erosiesporen van langdurig transport door water: vooral de broze Klokbekerscherven vertonen nog opvallend scherpe breukvlakken. Dit betekent dat de voorwerpen ter plekke in de getijdengeul terecht zijn gekomen bij een latere overstroming of stormvloed waarbij zeewater het veenlandschap binnendrong. Ook is het niet aannemelijk dat zware voorwerpen, zoals de maalsteen en de stenen bijlen, over lange afstand door het water zouden zijn meegevoerd. Dat er in het Laat Neolithicum (2700-2000 v.Chr.) en Vroege Bronstijd (2000-1800 v.Chr.) een nederzetting aan een zoetwaterstroom in het hoogveen zou hebben gelegen, in dit geval ergens tussen de huidige Munt en het Damrak, wijkt niet af van het algemene bewoningsbeeld in het kustgebied. In Noord-Holland zijn verscheidene vindplaatsen bekend van zowel grote als kleine nederzettingen uit de periode van de Enkelgrafcultuur (3200-2400 v.Chr.).
De bewoning van het hoogveen beperkte zich tot de randen, op voorwaarde dat er afwatering via getijdensystemen mogelijk was. Dit was het geval bij de geul op het Rokin. De vondst van de hamerbijl van het Emmentype wijst mogelijk in de richting van een Enkelgrafcultuurbegraving, aangezien dit soort werktuigen als grafgift werden bijgezet: de andere (‘Arbeitsaxt’) hamerbijl was een meer praktisch werktuig. De aanwezigheid van een graf zou betekenen dat de nederzetting een meer permanent karakter had, maar de materiële overblijfselen zijn te gering in aantal als sluitend bewijs daarvoor. Deze wijzen eerder in de richting van een tijdelijke nederzetting voor seizoensgebonden activiteiten voor visvangst, jacht of het weiden van vee.
Hoewel de vondsten, gelet op hun variëteit als bewoningsrestanten kunnen worden gezien, ontbreekt enig archeologisch bewijs voor bebouwing of landgebruik, zodat geen harde uitspraken zijn te doen over de aard en omvang van bewoning. Vanwege de verschillende zeegaten met toegenomen invloed van de zee en stormvloeden in prehistorische en historische tijden, kunnen dergelijke vroege bouwsporen inclusief bijbehorende gebruiksvoorwerpen en afval op het land volledig zijn uitgewist. Alleen diepere afzettingen, zoals de vulling van de rivier, vormen dan de enige nog beschikbare informatiebron. Vondsten uit de daaropvolgende Late Bronstijd-Late IJzertijd (1100-50 v.Chr.) zijn schaarser en minder gevarieerd. Ze bestaan uit onder meer een bronzen speerpunt uit circa 900 v.Chr. en een reeks (circa 34) scherven.
Algemeen bekend is dat de wijdere omgeving van de Amstel werd bewoond. De vondsten wijzen op de aanwezigheid van mensen in de onmiddellijke omgeving van de riviermonding, maar ook nu weer niet op permanente basis. Dit geldt ook voor de Romeinse periode (50 v.Chr.-450), die met verschillende vondsten, waaronder munten, fibulae en aardewerk, is vertegenwoordigd ).
De Romeinse archeologische overblijfselen uit het Damrak en Rokin en de diepere ondergrond houden onmiskenbaar verband met de ligging van Amsterdam binnen de invloedssfeer van het Romeinse keizerrijk en de aanwezigheid van mensen rond de Amstelmonding. Gemeten naar de hoeveelheid materiaal was het nu drukker dan in de voorgaande IJzertijd. Toch bieden ze geen onomstotelijk bewijs voor bewoning of voor de (semipermanente) vestiging van boeren en vissers die het veengebied bij de Amstelmonding in de Romeinse Tijd exploiteerden.